De gerst voor Clynelish™ wordt nog steeds gemout in de noordelijke Highlands en het water wordt nog steeds aangevoerd vanuit de Clynemilton Burn. Samen met het vakmanschap van de Master Distiller vormen zij de koele single malt whisky van de kust, ten minste veertien jaar gerijpt op eiken vaten.

De oorspronkelijke distilleerderij van Clynelish werd special gebouwd voor de nieuwe boerenbedrijven die ontstonden op het vruchtbare land in de kuststrook van Sutherland. Voor een bedrag van slechts 750 pond kon de toekomstige Graaf van Sutherland in 1819 zorgen voor een afzetmarkt voor het graan dat zijn pachtboeren verbouwden. Vanwege deze basis kunnen we tegenwoordig genieten van de zeer gewaardeerde Clynelish.
De reputatie was in die beginjaren zodanig dat alleen werd geleverd aan particuliere klanten; ‘handelsorders’ werden geweigerd. In 1886 schreef Alfred Barnard, een van de eerste whiskytoeristen, dat dit “altijd de duurste van alle Schotse whisky's” was.

Nog geen vijftig jaar later, in 1931, werd de distilleerderij echter gedwongen te sluiten vanwege de economische crisis. De productie werd hervat in 1938 en werd alleen nog onderbroken van mei 1941 tot november 1945 vanwege beperkingen in de aanvoer van gerst tijdens de Tweede Wereldoorlog.

In de jaren zestig van de 20ste eeuw deed de moderne tijd zijn intrede bij Clynelish met de komst van elektriciteit. De ketels die daarvoor nog met kolen werden gestookt kregen toen een modern verwarmingssysteem. In 1967-68 werd Clynelish, geheel naar het originele ontwerp, vervangen door een nieuwe distilleerderij op een naastgelegen terrein.

De oude distilleerderij was een korte periode gesloten, maar was onder de naam Brora van april 1969 tot mei 1983 weer in bedrijf. Deze distilleerderij maakte een whisky met veel turf met een totaal ander karakter, terwijl de nieuwe Clynelish de oude traditie voortzette.